La première approche s’intéressera à la Biopréservation et sécurité des aliments par des souches protectrices et leurs métabolites. L’utilisation des bactéries comme agents naturels de bioconservation (cultures protectrices), capables de maîtriser l’écosystème des aliments aux dépens des espèces indésirables (flores pathogènes et d’altération), représente une technologie à la fois émergente, innovante et complexe. Outre la sélection de bactéries lactiques protectrices, des métabolites produits par celles-ci, notamment les bactériocines pourront être exploités pour leur pouvoir inhibiteur. L’impact des cultures protectrices et/ou de leurs bactériocines sur les microbiotes de ces aliments sera déterminé.

De la même manière, des évaluations sensorielle, organoleptique et physico-chimique seront également réalisées. Une attention particulière sera portée aux produits du terroir. Par ailleurs et dans des conditions de biosécurité parfaitement contrôlées, le risque lié à Clostridium botulinum dans des aliments à teneurs réduites en sel et en additifs alimentaires de type conservateur et le contrôle de certains agents zoonotiques (Clostridium perfringens et Vibrio sp) seront étudiés.

Il sera aussi étudié de manière complémentaire la Modulation du microbiote intestinal et utilisation raisonnée des antibiotiques en santé animale. Ce projet de recherche visera à développer un modèle gastrointestinal porcin pour pouvoir étudier l’impact de différents co-produits ou microorganismes sur la santé intestinale du porcelet au moment du sevrage. Ce projet aura pour but d’apporter des alternatives aux antibiotiques en production animale, ceci dans un concept de « One Health » visant à promouvoir la lutte contre l’antibiorésistance et rétablir la santé intestinale.

Des projets sur le microbiote intestinal humain seront également menés afin de tester l’effet de bactéries probiotiques et d’oligosaccharides complexes d’origine humaine ou animale sur le microbiote intestinal du jeune enfant, de l’adulte ou du senior. Par ailleurs, des concepts originaux visant le contrôle des souches d’Escherichia coli résistantes aux polymyxines seront développés. Ceux-ci reposeront sur l’utilisation de molécules actives générées dans la thématique 1. L’efficacité de ces molécules pourra largement être augmentée par des nanoparticules, une technologie de plus en plus en vogue, dans le traitement des infections bactériennes.